Partijas eksportēšanas opcijas ļauj norādīt formātu un mapi, uz kuru eksportēt, kā arī izmantojamo paplašinājumu. Katrs fails tiks nosaukts saskaņā ar sleju Nosaukums sadaļā Geneious. Eksportēt mapi: lai eksportētu visu mapi uz vienu failu, paneļa Avoti noklikšķiniet uz mapes un dodieties uz Fails → Eksportēt → Eksportēt mapi.